Hierarchy For All Packages

Package Hierarchies:

• org.helm.notation2,
• org.helm.notation2.calculation,
• org.helm.notation2.exception,
• org.helm.notation2.tools,
• org.helm.notation2.wsadapter

Class Hierarchy

• java.lang.Object
  • org.helm.notation2.tools.AminoAcidParser
  • org.helm.notation2.Attachment (implements java.io.Serializable)
  • org.helm.notation2.tools.Base64
  • org.helm.notation2.tools.BuilderMolecule
  • org.helm.notation2.wsadapter.CategorizedMonomer
  • org.helm.notation2.tools.ChangeObjects
  • org.helm.notation2.Chemistry
  • org.helm.notation2.tools.Converter
  • org.helm.notation2.DeepCopy
  • org.helm.notation2.calculation.ExtinctionCoefficient
  • org.helm.notation2.tools.FastaFormat
  • org.helm.notation2.tools.HELM1Utils
  • org.helm.notation2.tools.HELM2NotationUtils
  • org.helm.notation2.tools.Images
  • org.helm.notation2.InterConnections
  • org.helm.notation2.tools.MDLUtils
  • org.helm.notation2.tools.MethodsMonomerUtils
  • org.helm.notation2.MoleculeProperty
  • org.helm.notation2.calculation.MoleculePropertyCalculator
  • org.helm.notation2.tools.MolfileEncoder
  • org.helm.notation2.Monomer (implements java.io.Serializable)
  • org.helm.notation2.MonomerCache (implements java.io.Serializable)
  • org.helm.notation2.MonomerFactory
  • org.helm.notation2.tools.MonomerParser
  • org.helm.notation2.MonomerStore
  • org.helm.notation2.wsadapter.MonomerStoreConfiguration
  • org.helm.notation2.wsadapter.MonomerWSLoader
  • org.helm.notation2.wsadapter.MonomerWSSaver
  • org.helm.notation2.Nucleotide (implements java.io.Serializable)
  • org.helm.notation2.NucleotideFactory
  • org.helm.notation2.tools.NucleotideParser
  • org.helm.notation2.wsadapter.NucleotideWSLoader
  • org.helm.notation2.wsadapter.NucleotideWSSaver
  • org.helm.notation2.tools.PeptideUtils
  • org.helm.notation2.tools.PermutationAndExpansion
  • org.helm.notation2.tools.PolymerUtils
  • org.helm.notation2.RgroupStructure
  • org.helm.notation2.tools.RNAUtils
  • org.helm.notation2.tools.SequenceConverter
  • org.helm.notation2.SimpleNotationGroupIterator
  • org.helm.notation2.tools.SiRNANotation
  • org.helm.notation2.tools.SMILES
  • java.lang.Throwable (implements java.io.Serializable)
    • java.lang.Exception
      • org.helm.notation2.exception.AnalogSequenceException
      • org.helm.notation2.exception.AttachmentException
      • org.helm.notation2.exception.BuilderMoleculeException
      • org.helm.notation2.exception.CalculationException
      • org.helm.notation2.exception.ChemistryException
      • org.helm.notation2.exception.ConnectionNotationException
      • org.helm.notation2.exception.EncoderException
      • org.helm.notation2.exception.ExtinctionCoefficientException
      • org.helm.notation2.exception.FastaFormatException
      • org.helm.notation2.exception.GroupingNotationException
      • org.helm.notation2.exception.HELM1FormatException
      • org.helm.notation2.exception.HELM2HandledException
      • org.helm.notation2.exception.ImageGenerationException
      • java.io.IOException
        • org.helm.notation2.exception.MonomerLoadingException
        • org.helm.notation2.exception.NucleotideLoadingException
      • org.helm.notation2.exception.MonomerException
      • org.helm.notation2.exception.NotationException
      • org.helm.notation2.exception.ParserException
      • org.helm.notation2.exception.PeptideUtilsException
      • org.helm.notation2.exception.PolymerIDsException
      • org.helm.notation2.exception.RNAUtilsException
      • org.helm.notation2.exception.ValidationException
  • org.helm.notation2.tools.Validation
  • org.helm.notation2.tools.WebService
  • org.helm.notation2.wsadapter.WSAdapterUtils
  • org.helm.notation2.tools.xHelmNotationExporter
  • org.helm.notation2.tools.xHelmNotationParser

Interface Hierarchy

• org.helm.notation2.NotationConstant